Αγαπητά μέλη της πανεπιστημιακής κοινότητας,

Τη Δευτέρα, 12 Απριλίου, ώρα 7 μμ, θα πραγματοποιηθεί τηλεδιάλεξη με θέμα:

“DNA Computing for DNA Data Storage and Disease Diagnosis”

Προσκεκλημένος ομιλητής: Georg Seelig, Professor in Electrical & Computer Engineering and the Paul G. Allen School for Computer Science & Engineering at the University of Washington.

Η τηλεδιάλεξη  πραγματοποιείται στο πλαίσιο του μεταπτυχιακού προγράμματος ‘Αναλυτική Χημεία & Νανοτεχνολογία’, καλύπτει διεπιστημονική ερευνητική δραστηριότητα και απευθύνεται σε ευρύ ακροατήριο.

Σύνδεσμος:
https://upatras-gr.zoom.us/j/96020984114?pwd=ZTJuaFRtdTRGOW9aaC9FbmJralZTUT09
Meeting ID: 960 2098 4114
Passcode: 254846

Ακολουθεί περίληψη της διάλεξης και σύντομο βιογραφικό του ομιλητή.

Abstract: In this talk, I will briefly introduce the field of DNA computing starting with work by Adleman. I will then highlight two different applications for DNA computing. First, I will introduce a molecular computation for disease diagnosis. Our workflow begins by training a computational classifier on labelled gene expression data. This in silico classifier is then realized at the molecular level to enable expression analysis and classification of previously uncharacterized RNA samples. Classification occurs through a series of molecular interactions between RNA inputs and engineered DNA probes designed to differentially weigh each input according to its importance. Second, I will introduce an approach for performing computation in the context of DNA data storage. Synthetic DNA has the potential to store the world's continuously growing amount of data in an extremely dense and durable medium. Current proposals for DNA-based digital storage systems include the ability to retrieve individual files by their unique identifier, but not by their content. Here, we demonstrate content-based retrieval from a DNA database by learning a mapping from images to DNA sequences such that an encoded query image will retrieve visually similar images from the database via DNA hybridization. We encoded and synthesized a database of 1.6 million images and queried it with a variety of images, showing that each query retrieves a sample of the database containing visually similar images are retrieved at a rate much greater than chance.

Short CV: Georg Seelig is a professor in Electrical & Computer Engineering and the Paul G. Allen School for Computer Science & Engineering at the University of Washington. He is an adjunct professor in Bioengineering. Seelig holds a PhD in physics from the University of Geneva in Switzerland and did postdoctoral work in synthetic biology and DNA nanotechnology at Caltech. He received a Burroughs Wellcome Foundation Career Award at the Scientific Interface in 2008, an NSF Career Award in 2010, a Sloan Research Fellowship in 2011, and a DARPA Young Faculty Award in 2012, an ONR Young Investigator Award in 2014 and a Microsoft Research Outstanding Collaborator Award in 2016.

Seelig is interested in understanding how biological organisms process information using complex biochemical networks and how such networks can be engineered to program cellular behavior. His approach combines forward engineering of synthetic RNA-based regulatory circuits with the quantitative characterization of existing RNA-based gene regulatory pathways. His group is applying engineered circuits to problems in disease diagnostics and therapy.

Με εκτίμηση

Θεόδωρος Χριστόπουλος
Καθηγητής
Τμήμα Χημείας

Ημερομηνία: Παρασκευή, 11/10/2019

Ώρα: 13.00

Αίθουσα: Σεμιναρίων Τμήματος Χημείας

ΔΙΑΛΕΞΗ

Lanthanides in Molecular Magnetism

Dr Júlia Mayans

Department of Chemistry, University of Barcelona, Barcelona, Spain

Lanthanide complexes represent a fascinating and challenging class of molecular magnetic materials with implications in several modern areas of fundamental and applied chemistry and physics. Due to their unique chemical and electronic properties, lanthanides have contributed to the field of molecular magnetism, and especially in the areas of molecular spintronics and quantum computation. This presentation will cover the recent advances in the field and some of our recent research results.

Ημερομηνία: Τετάρτη, 09/10/2019

Ώρα: 12.00

Αίθουσα: Σεμιναρίων Τμήματος Χημείας

ΔΙΑΛΕΞΗ

Supramolecular Assemblies: Structures and Magnetism

Prof. Albert Escuer

Department of Chemistry, University of Barcelona, Barcelona, Spain

Supramolecular chemistry, based on non-covalent interactions, covers a wide variety of systems that include the coordination chemistry and the properties of supramolecular coordination assemblies with interesting applications in several fields, such as sensing, molecular recognition, catalysis, to name a few. This presentation will cover an overview of supramolecular concepts, including fundamental principles and recent examples, as well as their implications in molecular magnetism.

Σας ενημερώνω ότι το πρόγραμμα διαλέξεων του Καθ. Carlos L. Cespedes Acuña, προσκεκλημένου του Τμήματος Χημείας έχει ως εξής:

Δευτέρα 03.06.19  και ώρα 10:00 π.μ.

“Inhibition on Cholinesterase and Tyrosinase by alkaloids and phenolics from Aristotelia chilensis leaves”  

Τρίτη 04.06.19  και ώρα 12:00 μ.μ.

“Biological Activities of Chilean Plants: a look at the new paradigms” 

Οι ανωτέρω διαλέξεις θα πραγματοποιηθούν στην Αίθουσα Σεμιναρίων του Τμήματος Χημείας (Ισόγειο Βορ. Κτιρίου).

Με εκτίμηση,

Κωνσταντίνος Αθανασόπουλος

Αναπλ. Καθηγητής

Πληροφορίες στο επισυναπτόμενο.

την Τετάρτη 2 /5 και ώρα 16:00

στην Αίθουσα ΧΗ7,στο Νέο Κτήριο Χημείας, ισόγειο

ο Dr. Bakhos Tannous

Associate Professor of Neurology Harvard Medical School &

Director for the Interdepartmental Neuroscience Center at the Massachusetts General Hospital

θα δώσει διάλεξη με θέμα:

" Molecular imaging in cancer drug discovery and blood-based diagnostics "

στο πλαίσιο του προγράμματος
Erasmus+ International Staff Mobility
for training and teaching

&

του προγράμματος μεταπτυχιακών σπουδών "Αναλυτική Χημεία & Νανοτεχνολογία"

Η διάλεξη είναι ανοιχτή σε όλη την ακαδημαϊκή κοινότητα

Την Τρίτη, 10/10/2017, 13:00-14:00, ο Καθηγητής Ανόργανης Χημείας του Department of Chemistry and Biochemistry του Florida International University κ. Raphael Raptis θα δώσει ερευνητική διάλεξη στην αίθουσα σεμιναρίων του Τμήματός μας. Ο τίτλος και η περίληψη της ομιλίας υπάρχουν στο συνημμένο αρχείο.

Στην ίδια αίθουσα, από τις 14:00 έως τις 15:00, ο κ. Raptis θα ενημερώσει Δετείς και επί πτυχίω φοιτητές του Τμήματός μας για δυνατότητες εκπόνησης διδακτορικής διατριβής με αμοιβή-υποτροφία στο Πανεπιστήμιό του.

Θα ήταν ιδιαίτερη χαρά μου να παρακολουθήσουν το ερευνητικό σεμινάριο όσοι συνάδελφοι ενδιαφέρονται, και την ενημέρωση οι φοιτητές που ενδιαφέρονται για μεταπτυχιακές σπουδές στις ΗΠΑ. 

Με εκτίμηση,

Σπύρος Π. Περλεπές

Η παρουσία είναι υποχρεωτική. Πληροφορίες στο επισυναπτόμενο.

2. Αναζήτηση της Ομοιότητας σε "αντικείμενα" της χημείας (αντικείμενα: κβαντοχημικές μέθοδοι, φυσικοχημικές μετρήσεις, χημικά μόρια με συγκεκρίμενες ιδιότητες)
ΗΜΕΡΟΜΗΝΙΑ: ΤΡΙΤΗ 6/6/2017
ΩΡΑ: 09:00-11:00
ΤΟΠΟΣ: ΤΜΗΜΑ ΧΗΜΕΙΑΣ
ΑΙΘΟΥΣΑ: ΣΕΜΙΝΑΡΙΩΝ

3. Υπολογιστική απεικόνιση (μεγαλο)μορίων και προσδιορισμός των δραστικών περιοχών τους με χρήσης του open source λογισμικού VMD
ΗΜΕΡΟΜΗΝΙΑ: ΔΕΥΤΕΡΑ 12/6/2017
ΩΡΑ: 09:00-11:00
ΤΟΠΟΣ: ΤΜΗΜΑ ΧΗΜΕΙΑΣ
ΑΙΘΟΥΣΑ: ΣΕΜΙΝΑΡΙΩΝ

ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ-ΜΑΘΗΜΑΤΙΚΗ ΧΗΜΕΙΑ

ΠΡΟΣΟΜΟΙΩΣΗ ΤΟΥ ΥΔΑΤΟΣ ΚΑΙ ΥΔΑΤΙΚΩΝ ΔΙΑΛΥΜΑΤΩΝ ΜΕ ΤΟ ΠΡΟΤΥΠΟ QM/MM

ΗΜΕΡΟΜΗΝΙΑ: ΠΑΡΑΣΚΕΥΗ 2/6/2017

ΩΡΑ: 09:00-11:00

ΤΟΠΟΣ: ΤΜΗΜΑ ΧΗΜΕΙΑΣ

ΑΙΘΟΥΣΑ: ΣΕΜΙΝΑΡΙΩΝ

υπο του Δρος Δημητρίου Ξενίδη

ΠΕΡΙΛΗΨΗ

Προκειμένου να καταλάβουμε τις ιδιότητες συσσωματωμάτων μορίων σε σχέση με τη δομή τους αλλά και τις αλληλεπιδράσεις μεταξύ τους μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε την υπολογιστική προσομοίωση. Οι δύο πιο διαδεδομένες τεχνικές προσομοίωσης είναι η Μοριακή Δυναμική (molecular dynamics, MD) και Monte Carlo (MC). Η προσομοίωση είναι γεγονός ότι δρά ως “γέφυρα” μεταξύ μικροσκοπικών μεγεθών μήκους και χρονικής κλίμακας και του μακροσκοπικού κόσμου του εργαστηρίου.

Στο παρόν σεμιναριακό μάθημα θα παρουσιάσουμε το απαραίτητο θεωρητικό τμήμα της μοριακής δυναμικής, καθώς και της εφαρμογής της στο πρότυπο Quantum Mechanics/ Molecular Mechanics QM/MM MD. Ενώ για την κατανόηση των αποτελεσμάτων θα παρουσιάσουμε συγκεκριμένα εργαλεία της στατιστικής μηχανικής προκειμένου να ερμηνεύσουμε τα αποτελέσματα της προσομοίωσης.

Τα παραπάνω θα χρησιμοποιηθούν για ερμηνεία των αποτελεσμάτων της προσομοίωσης του ύδατος καθώς και υδατικών διαλυμάτων ιόντων. Ειδικότερα:

• Θα μελετηθεί το πλήθος των δεσμών -Η που δημιουργεί ένα μόριο νερού και θα γίνει κατανοητή η μεγάλη ποικιλία δεσμικών φαινομένων στην υγρή φάση.

• Θα δείξουμε το φαινόμενο Jahn-Teller και συγκεκριμένα την διαταραγμένη οκταεδρική συμμετρία στην πρώτη σφαίρα ενυδατώσεως του Cu(II)

• καθώς και άλλων υδατικών διαλυμάτων κοσμοτροπικών και χαοτροπικών ιόντων